본 발명은 개선된 생체 내 리프로그래밍 시스템 및 이를 이용한 세포 전환 방법에 관한 것이다. 본 발명의 리프로그래밍 시스템은 출발세포 마커 프로모터, 유전자 다능성 유지 단백질, 아미노산 분리 펩타이드, Cre 재조합효소, 지향세포 마커 프로모터, LoxP, 및 형광단백질을 코딩하는 유전자를 포함하고, 세포의 전환을 확인하기 위해 세포의 고정을 필요치 않고, 세포가 살아있는 상태에서 실시간으로 모니터링이 가능하며, 생체 외(in vitro) 또는 생체 내(in vivo)에서 모두 이용이 가능하다. 따라서 본 발명은 바이오 및 의학 분야에서 크게 이용될 것으로 기대된다.