본 발명은 현재 기술의 한계를 극복하기 위해 차세대 염기서열 분석 기법(Next-Generation Sequencing)을 사용하여 BCR-ABL1 융합 유전자를 보다 민감도 있게 정량적으로 분석하기 위한 백혈병 진단용 프라이머 세트 및 이를 이용한 백혈병 진단 방법에 관한 것이다. 본 발명의 프라이머 세트를 이용한 진단 방법은 기존의 검사 방법들에 비하여 표준화된 프로토콜을 제공함으로써 정밀도(precision)와 민감도(sensitivity)가 개선된 데 현저한 효과가 있으므로, 임상적으로 백혈병이 예상되는 환자의 진단, 예후 판정 및 치료 방향 결정에 중요한 역할을 할 것으로 기대된다.