본 발명의 적어도 일 실시예에 따른 유전체단위반복변이 검출장치 및 방법은 어레이 발현값 데이터(aCGH data)상의 서로 인접한 열벡터들을 대비하고, 대비 결과에 따라 그 어레이 발현값 데이터를 복수의 세그먼트들로 구획하고, 세그먼트마다 그 세그먼트 내의 행벡터들을 서로 대비하고 대비 결과에 따라 그 세그먼트를 기 설정된 개수의 클러스터들로 재구성하고, 세그먼트마다 그 클러스터들의 분포 형태에 상응하여 그 세그먼트를 후보적 유전체단위반복변이구역으로서 선택적으로 결정하고, 그 후보적 유전체단위반복변이구역 내에서 샘플별로 유전체단위반복변이를 검출하고, 그 후보적 유전체단위반복변이구역(들)에 대해 머징(merging)과 프루닝(pruning)을 수행하여 최종적 유전체단위반복변이구역(들)을 획득한다.