본 발명은 컴퓨터로 구현되는 메가기둥 최적단면 설계시스템에 의해 수행되는 메가기둥 최적단면 설계방법에 있어서, 메가기둥의 비용 및 이산화탄소 배출량을 우선도에 따라 동시에 고려하는 메가기둥 최적단면 설계방법으로서, 변수 설정부에서, 메가기둥의 설계변수, 다목적 최적화 유전자 알고리즘의 매개변수 및 이산화탄소 배출량과 비용에 대한 우선도(p)를 설정하는 S100 단계; 평가함수 계산부에서, 목적평가 함수와 제약조건 함수를 평가하는 S200 단계; 다목적 최적화 알고리즘부에서, 다목적 최적화 유전자 알고리즘으로 이산화탄소 배출량과 비용을 동시에 고려하는 S300 단계; 및 선호 최적단면 선택부에서, 상기 우선도(p)를 반영하여 선호최적단면을 선택하는 S400 단계를 포함한다.