본 발명은 세포에서 RNA-가이드 뉴클레아제 (RNA-guided nuclease)의 활성을 고처리량 방식 (high-throughput manner)으로 평가하는 방법에 관한 것으로, 구체적으로 가이드 RNA (guide RNA) 코딩 염기서열 및 표적 염기서열을 포함하는 분리된 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 세포 라이브러리의 인델 빈도 (indel frequency)로부터 RNA-가이드 뉴클레아제의 활성을 평가하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 가이드 RNA-표적서열 페어 (pair) 라이브러리를 이용한 RNA-가이드 뉴클레아제의 특성을 분석하는 방법은 세포 내 (in vivo)에서 고처리량 방식 (high-throughput manner)으로 RNA-가이드 뉴클레아제의 활성을 평가할 수 있도록 하므로, RNA-가이드 뉴클레아제를 적용하는 모든 분야에서 매우 유용하게 활용될 수 있다.