본 발명의 FASTQ 포맷의 유전체 데이터를 압축하는 유전체 데이터의 압축 방법은, M개의 코어중 하나의 코어인 제 1 코어가 첫번째 시퀀스 데이터의 첫번째 라인에서 고정 헤더 데이터를 압축결과 저장소에 저장하는 단계; 상기 제 1 코어가 나머지 M-1(M은 4이상의 자연수)개의 코어(이하 '기타 코어들'이라 한다) 각각에 대하여 N(N은 2이상의 자연수)개씩의 시퀀스 데이터를 분배하고 기타 코어들에서 각각 압축되도록 하여, 한번에 N*(M-1)개의 시퀀스 데이터에 대한 압축을 병렬 처리하고 상기 압축결과 저장소에 저장되도록 하는 단계;를 포함하되, 상기한 기타 코어들의 각각에서 실행되는 압축은, 각 시퀀스 데이터에 대하여, 첫번째 라인의 고정헤더를 제거하는 과정; 두번째 라인을 부호화하는 과정; 세번째 라인의 식별자를 저장하는 과정; 네번째 라인을 반복길이 부호화하는 과정;으로 구성되는 처리 과정을 상기 N개의 시퀀스 데이터에 대하여 반복하는 제 1 단계 압축과, 상기 N개의 시퀀스 데이터에 대한 상기 제1 단계 압축의 결과에 대하여, 무손실 압축 알고리즘에 의해 압축하는 제 2 단계 압축;을 실행하는 것을 특징으로 한다.