딥러닝 기반의 심리생리검사 시스템에 관한 것이며, 딥러닝 기반의 심리생리검사 시스템은, 사용자의 생체 신호 데이터를 측정하는 거짓말탐지기 및 상기 생체 신호 데이터를 딥러닝 기반의 학습 모델에 적용하여 거짓말을 판별하는 심리생리검사 서버를 포함하되, 상기 심리생리검사 서버는, 상기 거짓말탐지기에서 측정된 상기 생체 신호 데이터를 수집하는 데이터 수집부, 수집된 상기 생체 신호 데이터를 전처리하는 데이터 전처리부, 상기 데이터 전처리부에서 전처리된 상기 생체 신호 데이터를 기반으로 전산채점 학습 모델을 구축하는 딥러닝 모델 학습부 및 상기 전산채점 학습 모델을 이용하여 신규 생체 신호 데이터의 거짓말을 판별하는 판별부를 포함할 수 있다.