본 발명은 Wnt 단백질의 활성과 수용성을 유지하면서 이를 정제하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 계면활성제가 포함된 Wnt 단백질 용액에 알부민을 첨가한 뒤 투석으로 계면활성제를 선택적으로 제거하는 간단한 공정을 통해 세포 독성의 계면활성제-의존성 수용성 상태를 생체적합성의 알부민- 의존성 수용성 상태로 효율적으로 전환할 수 있다. 이에, 본 발명은 산업적 활용도가 높은 Wnt 단백질의 친수성과 고유의 생물학적 활성이 유지되는 효율적인 정제 및 장기 보관 방법으로 유용하게 이용될 수 있다.