본 명세서에서는, 개체로부터 분리된 생물학적 시료 내에 포함되어 있는 cfDNA 중 표적 DNA를 포함하는 cfDNA를 제 1 증폭하는 단계, 증폭된 표적 DNA를 포함하는 cfDNA가 Cas9 단백질 및 가이드 RNA와 복합체를 형성하도록 혼합하는 단계, 혼합된 복합체로부터 표적 DNA를 포획(capture)하는 단계, 가열을 통하여 복합체에 포함되어 있는 Cas9 단백질을 변성시켜 포획된 표적 DNA를 용출(elution)시키는 단계, 용출된 표적 DNA만을 포집하여 표적 DNA를 농축(enrichement)시키는 단계, 및 농축된 표적 DNA를 제 2 증폭하는 단계를 포함하는, 가이드 RNA를 이용한 유전자 분석 방법을 제공한다.