본 발명은 미생물과 상호 작용하는 사용자의 활동을 감지하여 감지 신호를 생성하는 사용자 감지부 및 감지 신호를 광 변조하여 인터랙션 신호를 생성하고, 인터랙션 신호를 기지정된 위치에 배치된 미생물로 인가하여, 인터랙션 신호에 따른 미생물의 움직임과 함께 인터랙션 신호가 포함된 인터랙션 영상 신호를 획득하는 인터랙티브 현미경을 포함하여, 사람과 미생물이 상호 작용할 수 있도록 함으로써 미생물에 대한 흥미를 고취시킬 수 있고, 미생물 관련 전시물이나 교육, 오락용 컨텐츠에 대한 몰입도를 높이고 유의미한 경험을 제공하는 미생물 인터랙션 장치 및 방법을 제공한다.