본 발명은 대상자의 두부를 촬영하여 3D 헤드 CT 이미지를 인가받고, 미리 지정된 문턱값에 따라 3D 헤드 CT 이미지의 픽셀값을 이진화하여 이진 CT 이미지를 획득하는 이진화부, 미리 학습된 인공 신경망을 이용하여 이진 CT 이미지에서 두부에서 특징 위치를 각각 나타내는 미리 지정된 개수의 두부 계측 랜드마크 중 기하학적 특성에 따라 검출이 용이한 지정된 위치에 존재하는 미리 지정된 개수의 두부 계측 랜드마크를 기본 랜드마크로 검출하는 기본 랜드마크 획득부, 미리 학습된 인공 신경망을 이용하여 지정된 개수의 기본 랜드마크로부터 이진 CT 이미지 상의 위치 좌표 벡터로 나타나는 전체 두부 계측 랜드마크 각각을 추정하여 다수의 개략 랜드마크를 획득하는 랜드마크 개략 추정부 및 이진 CT 이미지를 기지정된 방식에 따라 하악골에 대한 하악 이미지와 두개골에 대한 두개 이미지로 분할하고, 분할된 하악 이미지와 두개 이미지 각각에 대응하여 다수의 개략 랜드마크를 다수의 하악 개략 랜드마크와 다수의 두개 개략 랜드마크로 구분하고 위치를 재추정하여 정밀 두부 계측 랜드마크를 획득하는 랜드마크 정밀 추정부를 포함하는 적은 수의 학습 데이터로 정확한 3D 두부 계측 랜드마크를 검출할 수 있는 3D 두부 계측 랜드마크 자동 검출 장치 및 방법을 제공한다.