본 발명은 음파제어를 이용한 단일 배아 배양 시스템에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 음파제어를 이용한 단일 배아 배양 시스템에 있어서, 전도체로 도금된 기판, 단일 배아를 배양시키기 위한 배양 공간이 내부에 형성되며, 개방형의 다각형 형태로 구현되어 상기 기판 상에 부착되는 폴리머 체임버, 상기 폴리머 체임버를 중심으로 대칭되는 지점에 위치하며, 상기 기판 상에 부착되는 한쌍 이상의 전극, 그리고 전압이 인가되면 상기 한쌍 이상의 전극을 통하여 상기 폴리머 체임버 내에 존재하는 단일 배아에 음파를 발생시키는 음파 제어부를 포함한다. 이와 같이 본 발명에 따르면, 음파를 이용하여 배아의 움직임을 유도하도록 제어하여 생체 조건과 유사한 환경에서 배아를 배양함으로, 체외수정시술 성공률을 향상시킬 수 있다. 그리고, 최적의 단일 배아를 선별함으로써, 다중 배아 이식에 의한 다태아 착상을 방지할 수 있다. 또한, 저체중아, 선천적 장애아 출산 등의 시술에 따른 부작용을 방지할 수 있다.