본 발명에 따른 신경망 기반 의료 영상 처리 장치는 캡슐 내시경에 의해 취득된 의료영상으로부터 소장 영역을 구분하는 신경망 기반 의료 영상 처리 장치에 있어서, 상기 의료영상에 대한 장기 구분을 수행하는 장기 구분 알고리즘이 탑재되는 메모리 및 상기 의료영상을 상기 장기 구분 알고리즘에 적용하여 상기 소장 영역이 구분되도록 하는 프로세서를 포함하고, 상기 장기 구분 알고리즘은 상기 의료영상에 포함되는 장기를 위, 소장 및 대장으로 구분하여 상기 소장 영역이 구분되도록 하는 합성곱 신경망 알고리즘과, 상기 합성곱 신경망 알고리즘에 연계되어 상기 합성곱 신경망 알고리즘에서 오분류되는 이미지를 감소시키는 시간적 필터링 알고리즘을 포함한다.