본 발명의 목적 단백질 융합 자가 조립 나노 입자 제조용 발현 벡터는 목적 단백질의 융합 파트너로서 결정성 단백질 및 바이러스 뉴클레오캡시드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 또한, 본 발명의 목적 단백질 융합 자가 조립 나노 입자 제조 방법은 목적 단백질 및 상기 목적 단백질의 융합 파트너로서 결정성 단백질 및 바이러스 뉴클레오캡시드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 목적 단백질 융합 자가 조립 나노 입자 제조용 발현 벡터를 제작하는 단계; 상기 목적 단백질 융합 자가 조립 나노 입자 제조용 발현 벡터를 숙주 세포에 도입하여 형질전환체를 제조하는 단계; 및 상기 형질전환체를 배양하는 단계;를 포함한다.